Am Anfang der Afro-Pfingsten fand ein Workshop zum Thema Afrika im Jugendkulturhaus Dynamo in Zürich statt. Zudem gab es ein spontan organisiertes Konzert mit afrikanischer Musik im Zürcher Volkshaus im Jahr 1990. Daraus entwickelten Daniel Bühler, Tom Keller und Michael Röttger das Festival, das bereits im folgenden Jahr in Winterthur stattfand. 1992 gründeten sie den Förderverein Amida Netzwerk, aus dem später der Verein Afro-Pfingsten Winterthur hervorging. Der private Verein für Bildung, Kultur, Gesundheit und Ökologie hat sich zum Ziel gesetzt, Goodwill für Afrika zu schaffen. Die Musik und die Workshops standen immer im Zentrum des Festivals. Bald erweiterten sie das Angebot mit dem Afrika-Markt, dem Welt-Bazar, Podien, Ausstellungen und einem Filmfest. Die Afro-Pfingsten entwickelten sich zu einem Grossanlass in der Winterthurer Altstadt und zum grössten Treffpunkt der afrikanischen Musik in der Schweiz.