Hans Ulrich II. Hanhart (1659-1688) eröffnete 1685 eine zweite Apotheke in Winterthur. Als er bereits drei Jahre später verstarb, verschwand diese Offizin wieder. Eine zweite Winterthurer Apotheke eröffneten erst die Nachkommen des Gründers der Stadtbibliothek Hans Georg Künzli (1623-1669). In dieser Familie vererbte sich der Apothekerberuf dreimal vom Onkel auf den Neffen. Hans Georg älterer Sohn Antonius (1649-1713) studierte Medizin und wurde Stadtphysikus. Die Apothekerlehre bei seinem Onkel Hans Heinrich Künzli (1731-1791) begann er 1787. Sein Bruder Hans Konrad (1651-1679) lernte ebenfalls Apotheker (Apotheker zur blauen Traube). Künzlis Apotheke befand sich vermutlich bereits im Hause zum Schwan (Marktgasse 42), wo sie bis 1840 blieb. Von den anderen zwei Söhnen wurde Hans Georg (1686-1762) Apotheker und Heinrich (1688-1763) Chirurg und Stadtarzt. Er vererbte den Schwan an Hans Heinrich (1731-1791), der die Apothekerlinie fortführte. Nach ihm folgte Neffe Antonius Künzli (1771-1852).
Als Apotheker der 4. Generation führte Antonius Künzli (1771-1852) ein äusserst reges Leben. Die Apothekerlehre begann er 1787 im weissen Schwan bei seinem Onkel Hans Heinrich Künzli (1731-1791) und arbeitete dann bei Dr. Diethelm Lavater in Zürich, nämlich in der Lavaterschen Apotheke hinter Zäunen. Als der Onkel 1791 starb, kehrte er zurück, um die Apotheke zum Schwan zu übernehmen. Die späteren Jahre brachten ihm neben seinem Beruf eine übergrosse Belastung mit Ämtern. 1806-1824 waltete er als Bezirks- und Amtsrichter, stieg 1816 zum Vizepräsidenten des Amtsgerichts auf. An einem einzigen Tag, am 27. Juli 1824, wurde Künzli zum Stadtrat, Kirchenpfleger und zum Stadtpräsidenten, dem höchsten Amt das die Stadt bieten konnte, gewählt. Als solcher blieb er bis zum Alter von 80 Jahren im Amt. Er hatte sich nochmals zur Wiederwahl gestellt, unterlag jedoch, aus heutiger Sicht, aus verständlichen Gründen. Trotz dieser bereits unglaublichen Ämterkumulation war er auch noch Hinwiler Amtmann, Kantonsrat und Spitalmeister. Das Bild der Stadt Winterthur prägte Künzli wesentlich mit. 1820 leitete er die Aufstellung der Stadtbeleuchtung, besorgte 1825 die Verlegung des Friedhofs nach ausserhalb der Stadt und war 1834-1839 Präsident der «Grabenverschüttungskommission», die die Schleifung der Stadtmauern und Tore in die Wege leitete. Seit 1822 gehörte er zudem der Winterthurer Freimaurerloge Akazia an, verfehlte aber 1837 die Ernennung zum Meister vom Stuhl, da einem Jüngeren der Vorzug gegeben wurde.
Unter der Last der zahlreichen Ämter sah sich Antonius Künzli genötigt, nach einem Kompagnon zu suchen. Einen solchen fand er 1811 in Johannes Kronauer, der dann allerdings 1825 die Apotheke zur Friedensburg gründete und somit zur direkten Konkurrenz wurde. Später unterstützte ihn sein Sohn Abraham Georg Künzli (1803-1876), der Medizin studiert hatte und 1836 die Apotheke zum Dach in Zürich erwarb. Als die neue Medizinalgesetzgebung 1836 verlangte, dass sämtliche Apotheker ein Examen abzulegen haben oder einen Provisoren anzustellen hätten, forderte man von Künzli ein Gleiches. Sein Einwand, dass er 1801 ein Patent erhalten hätte und 1804 in das Verzeichnis der autorisierten Apotheker aufgenommen worden sei, nützte nichts. Da er zu alt war, um sich nochmals einem Examen zu stellen, hob Künzli die Apotheke zum weissen Schwan 1840 auf, zumal durch die neue, 1839 erstellte Apotheke am Untertor eine zusätzliche Konkurrenz entstanden war.
