Im Jahr 1945 kam es aus unbekannten Gründen zu einer Spaltung innerhalb des Vereines. 1950 stellte der Zierfisch Verein im Restaurant Talgarten ein eigenes Vereinsaquarium auf, das jedoch im September des gleichen Jahres schon wieder abgebaut und verkauft werden musste, da das Gebäude umgebaut wurde. Kurz darauf schaffte der Verein ein neues Aquarium an und stellte es im Blumenladen am Winterthurer Bahnhofsplatz auf. 1952 erfolgte die Umbenennung in «Aquarien und Terrarien Verein Winterthur und Umgebung». Im selben Jahr veranstaltete der Verein für 3 Wochen im Gewerbemuseum eine öffentliche Ausstellung. Ebenfalls kam es zu einer gemeinsamen Ausstellung mit dem Ornithologischen Verein. In der Folge baute der Verein eine eigene Fischzentrale auf. Zu Beginn kaufte der Verein auch noch Zierfische an, allerdings wurde an der Generalversammlung von 1953 beschlossen, nur noch selbst gezüchtete Fische an den öffentlichen Börsen zu verkaufen. Ebenfalls wurde beschlossen, dass Fischhändler nicht als Vereinsmitglieder aufgenommen werden durften. Ab 1955 erschien die Zeitschrift «Aquaria». Ebenfalls konnten seither auch Jugendmitglieder aufgenommen werden, die mindesten 15 Jahre alt sein mussten.
1962 wurde das Vereinssignet und der Name abermals geändert, diesmal in «Aquarienverein Winterthur.» Ebenfalls begann man mit dem Bau einer eigenen Tümpelanlage in Sennhof, die «Pfaffenkappenried» genannt wurde. Diese Weiher bildeten kurz darauf ein wichtiges Laichgewässer für die örtlichen Amphibien.
