Alt-Wülflingen war im 10. Jhdt. Sitz der 897 erwähnten Grafen von Wülflingen. Um das Jahr 1000 ist Graf Lütold von Mömpelgard-Wülflingen Herr über den ausgedehnten Besitz um Wülflingen. Die Burg gelangte über Willebirg von Wülflingen an Kuno von Achalm, der im 11. Jhdt. dort wohnte. Inmitten der Wirren des Investiturstreits im Jahre 1056, wurde der Graf von Achalm von Kaiser Heinrich III. beauftragt den abtrünnigen Bischof von Regensburg, Gebhard III, auf seiner Burg in Wülflingen gefangen zu halten, was dieser auch tat. Nach einiger Zeit wurde Gebhard III erst auf eine andere Burg verlegt und dann wieder freigelassen. Wer während des 12.Jhdt. Herr der Festung war, ist nicht bekannt. Im 13. Jhdt. gelangt das Haus Habsburg in den Besitz von Burg und Herrschaft, zur der auch die hohe Gerichtsbarkeit gehörte.
Im 13. Jhdt. sind die Grafen von Habsburg-Kyburg als Besitzer fassbar. Diese bauten den heute noch erhaltenen Turm. Die Habsburger gaben die Herrschaft an verschiedene Adlige zu Lehen. Um 1300 waren die Herren von Hettlingen und danach jene von Seen auf der Burg. Nach dem Tod Hartmanns von Seen in der Schlacht bei Sempach (1386) ging die Burg an den Schwiegersohn, Ulrich von Landenberg-Greifensee, über. Danach waren mehrere Besitzer zu verzeichnen, unter anderem auch die Herren von Rümlang. Doch wegen Verschuldung und Betruges wird Hans Konrad von Rümlang von Zürich gefangen genommen und 1529 enthauptet. Burg und Herrschaft gehen an die Familie Steiner von Zug.
Anschliessend kaufte die Familie Escher die Burg, verlegte ihren Wohnsitz aber bald ins 1644 neu erbaute Schloss im Dorf Wülflingen. Die alte Burg wird nach verschiedenen Besitzerwechseln 1678 verlassen und zerfällt. Die Herrschaft Wülflingen wird 1760 durch Zürich aufgelöst. 1834 wird auch der zur Burg gehörende Gutshof abgebrochen. Später gelangte die Burg in die Hände der Stadt Winterthur. Die alte Burg diente noch bis ins 18. Jhdt. als Gefängnis. Die Nebenbauten zerfielen und das Material diente im 19. Jhdt. zu Neubauten in der Umgebung. 1895 erhielt der Turm eine schräge Ziegelabdeckung, die Mauerkrone wurde 1936 durch die Stadt erneuert. 1983 wurde die Burgruine saniert, da durch herabfallende Steine eine Unfallgefahr entstanden ist.
Gleichzeitig wurde der Turm zugänglich gemacht. Da nachgewiesen ist, dass am Turm früher ein Laubengang bestanden hat, wurde diese Idee wieder aufgenommen. Es wurde eine Holztreppe gebaut, die in diesen neuen Laubengang mündet. Von dort führ im Turminnern eine Wendeltreppe auf die Aussichtplattform. Von dieser kann eine schöne Aussicht auf das Schlosstal und den Lantig einerseits sowie zum Vogelsang und ins östliche Stadtgebiet genossen werden. Die Ruine Alt-Wülflingen muss saniert werden. Anfangs 21. Jhdt. galt es mit umfangreichen Steinmetzarbeiten den Turm der Ruine Alt-Wülflingen vor dem Zerfall zu retten.
