Gegründet wurde der Verein im Jahr 1918 unter dem Namen FC Viktoria Winterthur. Im darauffolgenden Jahr fand ein Namenswechsel zu FC Kreuzstern statt. Dieser Name wurde jedoch im selben Jahr auf bestreben der Firma Maggi geändert, und man nahm die Bezeichnung FC Phönix Winterthur an. Ab dem Jahr 1948 fand der Spielbetrieb auf dem damaligen „Neuen Sportplatz Deutweg“ (heute Talgut 1) statt. Im Mai 1986 fand ein erneuter Namenswechsel statt und seither spielt der Verein unter dem heutigen Namen FC Phönix Seen. Im Jahr 1997 fand ein erneuter Standortwechsel statt, und die Sportanlage Steinacker wurde bezogen. Zu den grössten sportlichen Erfolgen des FC Phönix Seen gehören zwei Vorstösse in die 1/16 Finals im Schweizer Cup. 1948 scheiterte man an GC Zürich und 2001 verlor man die Partie gegen den FC Zürich.
