Johann Albert Locher wuchs in Winterthur auf und wirkte bis 1898 in der Eulachstadt. Er war Sohn eines Pfarrers und studierte Theologie in Zürich. 1871 wurde er ordiniert. Danach arbeitete er als Pfarrer in Altikon und Wülflingen. 1877 war er Mitgründer und anschliessend Redaktor des «Volksblattes aus dem Bezirk Andelfingen». Von 1879 bis 1893 war er Mitglied des Kantonsrates und 1892 dessen Präsident. Seine weiteren Stationen waren von 1880 bis 1893 Redaktor des «Landboten» und 1888 bis 1893 Mitglied des Nationalrates.
Einen grossen Eindruck hinterliess er von 1893 bis 1914 als Mitglied des Regierungsrates. Als Exekutivpolitiker wirkte er in verschiedenen Departementen: 1893 bis 1899 Direktor des Innern, von 1899 bis 1905 und von 1911 bis 1914 Direktor des Erziehungswesens sowie von 1905 bis 1911 Direktor der Volkswirtschaft. Er war Initiant des Organisationsgesetzes des Regierungsrates von 1899. Auf Bundesebene wirkte er von 1905 bis 1914 als Mitglied des Ständerates und gleichzeitig Bundeshauskorrespondent des «Landboten». Der initiative Locher, der ursprünglich einen scharfen demokratischen und sozialpolitischen Kurs verfolgte, engagierte sich vor allem im Erziehungswesen reformerisch.
Er verfasste das demokratische Parteiprogramm von 1899 und war zudem Zentralpräsident des Grütlivereins. 1904 erhielt er den Ehrendoktor (Dr. iur. h. c.) der Hochschule Zürich. Von 1907 bis 1911 war er Vizepräsident der Freisinnig-Demokratischen Partei der Schweiz. 1914 verstarb er im Amt.