Johann Albert Locher wuchs in Winterthur auf und wirkte bis 1898 in der Eulachstadt. Er war Sohn eines Pfarrers und studierte ebenfalls Theologie in Zürich. 1871 erfolgte die Ordination. Er wirkte daraufhin als Pfarrer in Altikon und Wülflingen. 1877 war er Mitgründer und anschliessend Redaktor des «Volksblattes aus dem Bezirk Andelfingen». Von 1879–1893 war er Mitglied des Kantonsrates und 1892 dessen Präsident. Seine weiteren Stationen waren 1880–1893 Redaktor des «Landboten» und 1888–1893 Mitglied des Nationalrates.
Einen grossen Fussabdruck hinterliess er 1893–1914 als Mitglied des Regierungsrates. Als Exekutivpolitiker wirkte er in verschiedenen Departementen: 1893–1899 Direktor des Innern, 1899–1905 und 1911–1914 Direktor des Erziehungswesens und 1905–1911 Direktor der Volkswirtschaft. Er war Initiant des Organisationsgesetzes des Regierungsrates von 1899.
Auf Bundesebene wirkte er von 1905 bis 1914 als Mitglied des Ständerates und zeitgleich Bundeshauskorrespondent des «Landboten». Der initiative Locher, der ursprünglich einen scharfen demokratischen und sozialpolitischen Kurs verfolgte, hat sich vor allem im Erziehungswesen reformerisch betätigt.
Er verfasste das demokratische Parteiprogramm von 1899, zudem war er Zentralpräsident des Grütlivereins. 1904 erhielt er den Ehrendoktor (Dr. iur. h. c.) der Hochschule Zürich. 1907 bis 1911 versah er das Amt eines Vizepräsidenten der Freisinnig-Demokratischen Partei der Schweiz. 1914 verstarb er im Amt.