Johann Ludwig Aberli (auch Aeberli) wurde als Sohn des Stadtwachtmeisters Hans Jakob Aberli und der Anna Barbara Forrer in Winterthur geboren. Der damalige Rektor der Stadtschule entdeckte und förderte sein malerisches Talent. Die beiden grossen Leidenschaften des jungen Aberli waren das Lesen und Zeichnen.
Seine Eltern erwarteten, dass aus dem lesefreudigen Jungen ein Pfarrer werden würde. Doch Aberli entschied sich für den Zeichenstift. Seine Eltern organisierten eine Lehrzeit für ihn bei Heinrich Meyer in Winterthur. Dort kopierte der junge Aberli überwiegend Stiche. Nur nach Vorlage zu arbeiten, war für ihn auf Dauer jedoch nicht befriedigend. Er wollte die Landschaften, die er zu Papier bringen sollte, selber sehen. Kurz nachdem er seinen Lehrbrief erworben hatte, zog es ihn im Alter von 18 Jahren nach Bern. Dort arbeitete er als Flachmaler und nahm gleichzeitig Unterricht bei Johann Grimm (1675–1747). Nach dessen Tod übernahm Aberli die Malschule.
Um 1750 gründete Aberli eine eigene Werkstatt mit Verlag und arbeitete erfolgreich mit dem Graveur Adrian Zingg und dem Vedutisten Samuel Hieronymus Grimm zusammen. 1759 folgte eine Studienreise nach Paris.