Marie Hüni wuchs in einem gut behüteten Elternhaus auf. Ihr Vater Hans Jakob war Lehrer. Nach den Schuljahren besuchte sie das Lehrerseminar in Küsnacht. 1896 heiratete sie den Lehrer und Redaktor Emil Walter. Sie löste 1908 Margarethe Faas-Hardegger als Arbeiterinnensekretärin des Schweizerischen Gewerkschaftsbunds ab. Unter ihrer Leitung werden die Arbeiterinnenvereine zunehmend in die Schweizer Arbeiterbewegung integriert. Bis zu ihrer Scheidung 1910 lebte die Familie in Winterthur. Sie zog ihre beiden Kinder alleine gross. Von 1909 bis 1918 war Marie Walter-Hüni Redaktorin der gewerkschaftlichen Frauenzeitschrift "Die Vorkämpferin". Zur gleichen Zeit bis 1924 arbeitet sie als Arbeiterinnensekretärin beim Gewerkschaftsbund. Nach einem Streit mit dem Vorstand des SGB wurde Margarethe Faas-Hardegger als Arbeiterinnensekretärin des Gewerkschaftsbundes entlassen und ihre Stelle mit Marie Walter-Hüni neu besetzt. Mit kämpferischen Artikeln und Publikationen setzte sie sich für Verbesserungen der Arbeiterschaft und insbesonders der Frauen ein. 1910 organisierte sie die erste Frauenkonferenz für Arbeiterinnen in St. Gallen.