Samuel Werners Verdienste reichen bis weit ins 19. Jahrhundert zurück. Er gehörte sowohl der kleinen sozialistischen Parteigruppe an, die sich zu Beginn der achtziger Jahre formte, wie auch dem Grütliverein. Es darf angenommen werden, dass er zu den Gründern der zweiten Arbeiterunion(1883) zählte. 1885 wurde ihm deren Präsidium anvertraut. 1889 rückte er zum Vorsitzenden des Grütlivereins Winterthur auf. Im selben Jahr wurde er dank demokratischer Unterstützung zum Friedensrichter gewählt, ein Amt, das er bis 1919 ausübte. Als Winterthur mit der Vorortswürde des Schweizerischen Grütlivereins betraut wurde und im Zentralkomitee Streitigkeiten ausbrachen, übernahm Samuel Werner 1891 das Zentralpräsidium des Schweizerischen Grütlivereins und führte die Amtsdauer des Winterthurer Zentralkomitees 1896 erfolgreich zu Ende. 1893 wurde er in den Kantonrat gewählt. 1895, bei der Einführung des 45-köpfigen Grossen Stadtrates, nahm er Einsitz in dieser Behörde. Die Achtung, welche der Winterthurer Politiker genoss, zeigte sich auch darin, dass er 1900 als Ständeratskandidat aufgestellt wurde und auf 17'000 Stimmen kam. Sein Gegner erhielt 28'000 Stimmen. Dem Grütliverein war Samuel Werner mit Leib und Seele ergeben. Er blieb auch bei der Parteispaltung im Ersten Weltkrieg auf seiner Seite, wodurch er politisch vereinsamte.
