Das Landgut wurde um 1790 erstellt. Bauherr war Hans Jacob Troll zum Wilhelm Tell (Marktgasse 26 zwischen Tannenberg und Peterhans), 1758-1819, Stadtschreiber, Kantonsrat, Bezirksgerichtspräsident und Oberamtmann. Mit seiner Frau Anna Biedermann (1757-1818) hatte er fünf Kinder. Jacob Troll war von Jugend an ein begeisterter Freimaurer. Im Dezember 1818 versammelte er 13 Freude im Jakobsbrunnen zur Gründung der Bauhütte Winterthur. Bereits 1735 bestand ein bescheidenes Gartenhaus mit Garten, welcher durch die Frau Oberstrichter Troll zum Wilhelm Tell bewirtschaftet wurde. Bis 1790 diente das Gut «Jakobsbrunnen» mit einem einfachen Landhaus als Sommersitz und Pflanzgarten. Mit dem Bau der Villa um 1790 wurde eine Gartenanlage mit rechtwinkliger Hof- und Beeteinteilung angelegt. Die Villa Jakobsbrunnen lag lange Zeit am eigentlichen Stadtrand von Winterthur.
Erst nach 1870 wurden in unmittelbarer Nähe weitere Bauten erstellt, meist mit ebenfalls grossen Gartenanlagen. Mit dem Bebauungsplan von 1896 wurde die eigentliche Besiedlung des inneren Lindes eingeleitet und der Park der Villa Jakobsbrunnen wurde Bestandteil des heute stadtprägenden Villengürtels und Grünringes um die Winterthurer Altstadt. 1991 wurde die Liegenschaft «zum Jakobsbrunnen» grösstenteils unter kommunalen Denkmalschutz gestellt. Unter den neuen Besitzern erfolgte eine aufwändige Renovation. Der ehemalige Stall wurde zu einem Wohnhaus umgestaltet. Daneben steht ein winziges Einfamilienhäuschen, das als Gästehaus und Atelier genutzt wird. Der ehemalige Hühnerhof wurde neu als Gartenlaube mit Sitzflächen umgestaltet.
Die ehemalige Villa wird als Geschäfts- und Wohnhaus genutzt. Im ersten Stock haust die Besitzerfamilie, im zweiten Geschoss sind die Räumlichkeiten des Unternehmens des Hausherrn und im Dachgeschoss, dem ehemaligen Wohngeschoss des Personales ist eine weitere Wohnung eingerichtet. Das frühklassizistische Landhaus lag ursprünglich an isolierte Lage. Auf einem erhöhten Kellersockel erhebt sich der rechteckige zweigeschossige Bau mit einem Mansardenwalmdach. Der Südanblick präsentiert sich mit Ecklisenen und die Fenster des unteren Geschosses durch Segmentgiebel hervorgehoben und einer Freitreppe mit Gusseisen-Geländer. Im Innern präsentieren sich klassizistische Eichentüren mit Messingbeschlägen und Schlössern.
