Am 7. Dezember 2006 wurde mit der S-Bahn Haltestelle Hegi Winterthurs zehnter Bahnhof eröffnet. Die Station verfügt über zwei Perrons, einen Billetautomaten und einen Wartebereich. Sie wurde für täglich 1500 Pendler:innen konzipiert. Diese hohe Zahl berücksichtigte die erwartete Entwicklung des Quartiers, insebsondere die Überbauung des ehemaligen Sulzer-Areals, das spätere Neuhegi.
Die Nutzung des Bahnhofs, an dem die S35 zwischen Winterthur und Will im Halbstundentakt hielt, blieb zu Beginn weit unter den erwarteten Zahlen. Bis 2015 stieg die Nutzung langsam auf rund 600 Personen pro Tag. Da jedoch weiterhin zu wenige Personen in Hegi auf den Zug umstiegen, fuhren ab dem Fahrplanwechsel 2018 keine Busse mehr zum Bahnhof Hegi. Die nächste Bushaltestelle befindet sich nun beim Schulhaus Neuhegi. Ab dem gleichen Fahrplanwechsel erhielt Hegi mit der S12 jedoch endlich eine direkte stündliche Verbindung nach Zürich.
Ab 2019 entstand auf dem Gelände um den Bahnhof Hegi die Überbauung «Kim» mit mehr als 200 Wohnungen. Weitere Wohn- und Gewerbegebäude folgten. Heute sind die meisten der ehemals leerstehenden Grünflächen um den Bahnhof überbaut.
