Jakob Christoph Heer wurde 1859 als Sohn des Werkleiters und späteren Gemeindeammanns Christoph Heer (1833–1913) in Winterthur-Töss geboren. Nach der Primar- und Sekundarschule besuchte Heer das Gymnasium in Winterthur und anschliessend das Lehrerseminar in Küsnacht. 1882 erhielt er eine feste Anstellung als Lehrer in Dürnten. Daneben arbeitete er als Schriftsteller. 1892 stellte ihn die Neue Zürcher Zeitung als Feuilletonredaktor ein. Für die Zeitung verfasste er den bekannten Roman «An heiligen Wassern» als Fortsetzungsgeschichte. Der Roman erregte so grosse Aufmerksamkeit, dass Heer in der Folge 1899 eine Stelle als Redaktor bei der Zeitschrift «Die Gartenlaube» in Deutschland erhielt. Drei Jahre später kehrte er aus Deutschland zurück und liess sich 1902 als freier Schriftsteller in Ermatingen nieder.