Agnes von Ungarn lebte von 1317 bis zu ihrem Tod im Kloster Königsfelden (AG), ohne je das Gelübde abzulegen. Ihr Vater Albrecht I. war am 1. Mai 1308 in Königsfelden ermordet worden, worauf ihre Mutter an diesem Ort ein Doppelkloster für Klarissen und Minoriten gestiftet hatte. An der Verschwörung an ihrem Vater waren auch Winterthurer beteiligt, darunter Rudolf von Wart. Als dieser zum Tod verurteilt wurde, flehte seine Ehefrau Gertrud von Wart bei Königin Agnes um Gnade. Diese zeigte jedoch kein Erbarmen und liess Rudolf von Wart rädern.
In Königsfelden zog sich Agnes von Ungarn nicht in das klösterliche Leben zurück, sondern hielt Hof, verwaltete ihre und die habsburgischen Besitztümer und war neben ihrer Stifterinnentätigkeit auch politisch tätig. Ihre politische Tätigkeit äusserte sich nicht direkt in einer offiziellen Funktion oder Bezeichnung als Regentin. Sie war jedoch sozial sehr wirkmächtig durch ihre Netzwerke, dynastischen Verbindungen und durch ihre materiellen Mittel (vornehmlich aus ihrem Wittum). Ab 1330 war sie zudem die ranghöchste Frau im Familienverband der Habsburger.
Sie beriet ihren jüngeren Bruder Herzog Albrecht II. von Österreich und repräsentierte die habsburgischen Interessen in den Vorderen Landen (Vorderösterreich). Ihre wichtige Stellung im Gebiet des heutigen Kantons Aargau und darüber hinaus war der Tatsache geschuldet, dass sie jeweils über lange Strecken die einzige in dieser Herrschaftsregion wohnhafte Habsburgerin war. In ihrer Funktion als Interessensvertreterin Habsburgs war sie zudem Vermittlerin zwischen Habsburg und der Eidgenossenschaft. Sie war mitverantwortlich für den Frieden zwischen Bern und Freiburg (Gümmenenkrieg 1333 und Laupenkrieg 1340), aber auch für den erfolglosen Schiedsspruch 1351 zwischen Rapperswil, Zürich und den Waldstätten.
Agnes von Ungarn besass lebenslänglich die habsburgischen Herrschaftsrechte im Amt Bözberg, im Eigenamt und über die Stadt Brugg.