Ernst Huggenberger wurde am 15. Juli 1924 in Adlikon bei Andelfingen geboren. In jungen Jahren trat er den Pfadfindern bei, wo er den Pfadinamen «Wehner» erhielt. Er blieb als Altpfadfinder der Bewegung auch in späteren Jahren treu. Nach dem Besuch der Primarschule in Oberwinterthur und dem erfolgreichen Abschluss des Gymnasiums, studierte Huggenberger Rechtswissenschaften an der Universität Zürich. Erste berufliche Erfahrungen sammelte er am Zürcher Bezirksgericht und einem Anwaltsbüro. In jungen Jahren heiratete er Alice Buche, mit der er drei Kinder hatte.
1951 legte er das Zürcher Staatsexamen ab und wurde Rechtsanwalt. 1953 eröffnete er sein eigenes Anwaltsbüro in Winterthur, das er bis 1966 betrieb. Gleichzeitig arbeitete er von 1957 bis 1965 als Richter in zwei Divisionsgerichten. Von 1965 bis 1966 war er Ersatzrichter am kantonalen Obergericht. Neben seinen beruflichen Verpflichtungen beteiligte er sich ehrenamtlich als Rechtsberater bei der Unentgeltlichen Rechtsauskunftsstelle des Christlichozialen Kartells und war Mitglied in der Katholischen Kirchenpflege.