Die Mörsburg «Morisperch» wird urkundlich 1094 erstmals erwähnt. Wer genau die Erbauerinnen der Burg waren, lässt sich anhand der vorhandenen Angaben nicht restlos klären. Ebenso wenig ist bekannt, wer von 1125 bis 1241 auf der Burg lebte und wann genau sie in den Besitz der Grafen von Kyburg überging. Bei archäologischen Ausgrabungen in den 1970er-Jahren konnten wesentliche Teile der ursprünglichen Gesamtanlage erfasst werden. Es wurde nachgewiesen, dass die Burg bereits um 1100 über mehrere Steinbauten verfügte, darunter den Wohnturm und eine Ringmauer. Diese Informationen sind relevant, weil die Errichtung von Steinburgen damals dem höheren Adel vorbehalten war.
1241 erhielt Margarete von Savoyen, die Gattin des Grafen Hartmann IV von Kyburg, die Mörsburg als Heiratsgabe und späteres Witwengut. Diese Überschreibung ist wahrscheinlich im Kontext der kyburgischen Territorial- und Sicherungspolitik während des Investiturstreits zwischen dem deutschen Kaiser Friedrich II. und Papst Innozenz IV. zu sehen. Die Grafen von Kyburg hielten dem Papst die Treue. In dieser Zeit versuchten sie, ihre weitreichenden Güter und Ländereien zu sichern und einem möglichen Zugriff durch den Kaiser zu entziehen, vorwiegend indem sie diese an die Kirche veräusserten. Ein bekanntes Beispiel hierfür ist die Stiftung des Klosters Töss im Jahr 1233.