Die Mörsburg «Morisperch» wird urkundlich 1094 erstmals erwähnt. Wer genau die Erbauer der Burg waren, lässt sich anhand der vorhandenen Angaben nicht restlos klären, ebenso wenig wer von 1125 bis 1241 auf der Burg residierte und wann genau sie in den Besitz der Grafen von Kyburg überging. Bei archäologischen Ausgrabungen in den 1970er-Jahre konnten erstmals wesentliche Teile der ursprünglichen Gesamtanlage gefasst und der Nachweis erbracht werden, dass die Burg bereits um 1100 über mehrere Steinbauten verfügte, darunter den Wohnturm und auch eine Ringmauer. Diese Informationen sind insofern relevant, weil die Errichtung von Steinburgen damals dem höheren Adel vorbehalten war.
1241 erhielt Margarete von Savoyen, die Gattin des Grafen Hartmann IV von Kyburg die Mörsburg als Heiratsgabe, respektive späteres Witwengut. Diese Überschreibung ist wahrscheinlich im Kontext der kyburgrischen Territorial- und Sicherungspolitik während des Investiturstreits zwischen dem deutschen Kaiser Friedrich II und Papst Innozenz IV zu sehen, wobei die Grafen von Kyburg dem Papst die Treue hielten. In dieser Zeit versuchten sie ihre weitreichenden Güter und Ländereien zu sichern und einem möglichen Zugriff durch den Kaiser zu entziehen und zwar vorwiegend indem sie diese an die Kirche veräusserten. Ein bekanntes Beispiel hierfür ist beispielsweise auch die Stiftung des Kloster Töss im Jahr 1233.