Werner Ganz wurde am 16. März 1902 in Zürich-Enge als Sohn eines Pfarrers geboren und ist auch dort aufgewachsen. Nach der Maturität studierte Werner Ganz Geschichte, Kunstgeschichte, deutsche Literaturgeschichte und historische Hilfswissenschaften an den Universitäten Zürich und Paris. Wie schon sein Vater und auch seine Brüder trat Werner Ganz der Studentenverbindung «Zofingia» bei. 1925 legte er seine Dissertation zur Wirtschaftsgeschichte des Grossmünsterstiftes ab. Nach seiner erfolgreichen Promotion wurde er 1928 als Hilfslehrer für Geschichte, Deutsch und Latein an die Kantonsschule Winterthur berufen. Nach drei Jahren folgte die Festanstellung als Hauptlehrer. Für viele Jahre war er der einzige Geschichtslehrer im Kollegium und er war bei der Schülerschaft äusserst beliebt. In der Kantonsschule wurde er jeweils «Gänse» genannt. Die Winterthurer Mittelschulverbindung «Fraternitas» nahm ihn deshalb als Ehrenmitglied auf. Werner Ganz heiratete eine seiner ehemaligen Schülerinnen und liess sich deshalb dauerhaft in Winterthur nieder. Ab 1940 unterrichtete er als Privatdozent an der Universität Zürich und wurde 1949 zum Titularprofessor für Schweizer Geschichte und schweizerische Verfassungsgeschichte ernannt.
Während dem Zweiten Weltkrieg leistete Werner Ganz als Fourier Aktivdienst in der Schweizer Armee. Ganz setzte sich in den Dreissiger- und Vierzigerjahren gegen sogenannt «anpasserischen Tendenzen» gegenüber dem nationalsozialistischen Deutschland ein.