Karl Johannes «Jean» Affeltranger wurde in Winterthur-Töss als ältester Sohn eines Malermeisters geboren und wuchs mit seiner Familie im «Chrugeler» auf. Schon in jungen Jahren half er jeweils im familieneigenen Malereigeschäft aus und zeigte darüber hinaus grosses künstlerisches Interesse. Die Schule in Töss behagte ihm hingegen nicht so und er mühte sich als mittelmässiger Schüler ab. Viel lieber hielt er sich im nahegelegenen «Restaurant Frieden» auf und zeichnete dort die jassenden Männer. Als er 15 Jahre war, starb überraschend sein Vater. Die Laufbahn des jungen Jean Affeltranger schien damit vorgezeichnet – er sollte den Malereibetrieb übernehmen und in die Fussstapfen seines Vaters treten. Bis er so weit war, sprang sein Bruder für ihn ein. Affeltranger besuchte derweil die Kunstabteilung am Technikum, wo er Unterricht bei Léon Pétua nahm. Zwischen seinem 17. und 19. Lebensjahr begab er sich auf seine Wanderjahre, wo er in verschiedenen Malergeschäften sein Handwerk verfeinerte. 1893 kehrte er in die Heimat zurück und übernahm erwartungsgemäss den Familienbetrieb, den er allerdings nur bis 1898 führte.
Angeblich bei Malerarbeiten im ehemaligen Kloster Töss fasste er den Entschluss, sein Leben ganz der Kunst zu widmen. Ein Entscheid, der besonders bei seiner Mutter auf wenig Begeisterung und Unterstützung stiess, galt dies doch als brotloses Unterfangen. Trotz ihrem Widerstand gab Affeltranger das Malergeschäft auf und besuchte die Kunstakademie in München. Dort wurde er vom griechischen Maler Nikolaus Gysis und dem deutschen Landschaftsmaler Ludwig von Löfftz unterrichtet.
