Der vielseitige Geschäftsmann war nicht nur Fabrikherr, sondern auch ein engagierter «Tüftler». So stellte er verschiedene Gerätschaften und Fabrikationsanlagen für seine Betriebe selbst her. Darunter beispielsweise eine Ölmühle mit hydraulischer Presse, eine Fourniersäge, Pulvermühlen und eine Eisenschmelzhütte. Ebenfalls produzierte er Bleistifte und versuchte sich – diesmal allerdings erfolglos – mit einer eigenen Weberei. Eines seiner grössten Ziele war die Herstellung eines nichtexplosiven, das heisst stabileren Schwarzpulvers. Dafür musste er sich extra vom Bund eine Bewilligung für den Bezug und Umgang mit dem gefährlichen Pulver ausstellen lassen. Die Schwarzpulverversuche unternahm er zu Beginn in seiner Tonfabrik in Schaffhausen. Im März 1857 beauftragte er seinen Töpfermeister damit, das Schwarzpulver zu verfertigen. Dieser weigerte sich zuerst, da er über keine entsprechenden Kenntnisse verfügte, doch schliesslich setzte sich der Fabrikherr durch. Nur eine halbe Stunde nachdem Ziegler-Pellis abgereist war, kam es in der Fabrik zu einer heftigen Explosion, als der Töpfermeister Salpeter zur Kohle-Schwefel Mischung zugab. Ursache war vermutlich ein Funke oder eine Überhitzung durch die Mühlensteine. Der Vater von sechs Kindern, der mit seiner Familie auf dem Fabrikareal gewohnt hatte, verstarb wenige Stunden später an seinen schweren Verletzungen, obwohl seine drei Söhne ihm sofort zur Hilfe geeilt waren und ihn in den Rhein getaucht hatten, um seine brennenden Kleider zu löschen. Der tragische Tod des Werkführers und die gefährlichen Versuche lösten eine Welle der Empörung in der Lokalbevölkerung aus. Ziegler-Pellis selbst wies jegliche Verantwortung von sich und behauptete, der Arbeiter hätte durch unsachgemässe Arbeitsweise den Unfall selbst verursacht. Weil der Fabrikherr die Familie weiterhin kostenlos bei sich wohnen liess und auch zwei der Söhne bei sich beschäftigte und weitere Unterhaltszahlungen leistete, blieb das Unglück für ihn ohne juristisches Nachspiel.
Die Behörden untersagten Ziegler-Pellis danach allerdings jegliche weitere Schwarzpulverversuche in seiner Fabrik. Er umging dieses Verbot, indem er grössere Mengen Schwarzpulver von seiner Tonfabrik in seine Privatwohnung nach Winterthur transportieren liess. Damit es sicherer transportiert werden konnte, liess er es anfeuchten. Mehrere Jahre lang wies er danach seine Hausbediensteten an, das angelieferte Schwarzpulver jeweils im heimischen Kochherd oder der Dörranlage zu trocknen, damit er danach in seiner Werkstatt heimlich mit den Versuchen fortfahren konnte. So experimentierte Ziegler-Pellis über Jahre hinweg mitten in der Altstadt und ohne dass seine Gäste etwas ahnten mit dem gefährlichen Pulver. Mehrere Pfund sollen jeweils im Ofen getrocknet worden sein. Vermutlich unmittelbar nach dem Ankauf eines neueren Herdes kam es 1862 zum Unglück: Zwölf Pfund Schwarzpulver explodierten im Backofen, wobei die anwesende Hausmagd Salomea Grübler von den herumfliegenden Teilen tödlich getroffen wurde.
Das Unglück war ein Skandal für die Winterthurer Bevölkerung. Weil es nicht der erste Vorfall dieser Art war, kam es nun auch zu polizeilichen Ermittlungen. Da Jakob Ziegler-Pellis bereits 87 Jahre alt war, verzichteten die Behörden auf eine Untersuchungshaft. Er nutzte die verbleibende Zeit in Freiheit, um heimlich in seiner Tonwarenfabrik mit seinen Schwarzpulverversuchen weiterzumachen. Ohnehin wies er abermals jegliche Schuld von sich, war aber bereit, die Verantwortung für den Unfall zu übernehmen. Das Schwurgericht verurteilte ihn wegen fahrlässiger Tötung zu einer Freiheitsstrafe von vier Monaten und einer Busse von 250 Franken. Noch bevor das Urteil vollstreckt werden konnte, verstarb Jakob Ziegler-Pellis am 18. Januar 1863.