Um 1835 kehrte der junge Architekt nach Zürich zurück und wurde dort wohlwollend empfangen. Schon bald betraute man ihn mit prestigeträchtigen Bauaufträgen, unter anderem gewann er gemeinsam mit Gustav Wegmann die Ausschreibung für die Errichtung des Zürcher Kantonsspitals (1835–1837) und erstellte kurz darauf in unmittelbarer Nähe die Blinden- und Taubstummenanstalt. Charakteristisch für die Öffentlichen Bauten von Zeugheer waren ihre strenge Symmetrie sowie eine Gliederung mit Mittel- und Eckrisaliten sowie ein zurückhaltender Einsatz von klassizistischer Details.
In den 1840er-Jahren machte sich Zeugheer einen Namen als Villenarchitekt. Die luxuriösen Landhäuser realisierte er zuerst in Zürich und Winterthur. Später waren seine Bauten dann in der ganzen Schweiz und im nahen Ausland gefragt. Zu Zeugheers Kundschaft zählten namhafte Kaufleute, Bankiers, Künstler, Industrielle und Ärzte. Der tatkräftige Architekt beschränkte sich aber nicht nur auf den Bau von Villen und öffentlichen Gebäuden, sondern realisierte auch Industrieanlagen, Arbeiter- und Mietshäuser, Bäder, Kasinos, Schulhäuser, Strafanstalten, Pavillons ein Kunsthaus und eine Brauerei.
