Lange Zeit verzichtete die Stadt Winterthur auf die Einsetzung einer Museumsdirektion. Stattdessen beförderte sie 1974 den bereits seit 1960 als Abwart im Gewerbemuseum arbeitenden Fritz Hobi zum «Ausstellungs- und Sammlungswart». Nach 15 Jahren als Abwart arbeitete er 20 Jahre lang in dieser Position. Neben dem Auf- und Abbau der Ausstellungen hatte er auch die Pflicht, neue Ausstellungen anzuregen und verschiedene Objekte aus der Sammlung zu präsentieren.
Im Zuge der Revision der Winterthurer Gemeindeordnung Ende der 1960er Jahren hätte das Gewerbemuseum bereits zusammen mit den übrigen Museen und Bibliotheken unter die Führung des damals neu geschaffenen Kulturamtes (heute Amt für Kultur im Departement Präsidiales) zusammengefasst werden sollen. Dagegen wehrte es sich erfolgreich und verblieb vorerst im Bereich des Schulamtes.
Ab 1999 übernahmen Claudia Cattaneo und Markus Rigert gemeinsam die Leitung des Gewerbemuseums. Markus Rigert blieb dem Museum als Co-Leiter insgesamt 22 Jahre treu, zunächst zusammen mit Claudia Cattaneo, ab 2012 gemeinsam mit Susanna Kumschick, welche die Leitung nach der Pensionierung von Rigert alleine fortführte.
Der Einsatz eines neuen Leitungsteams kurz vor der Jahrtausendwende läutete eine Neuausrichtung des Gewerbemuseums ein. Die Veränderung bestand darin, sich von einer kunstgewerblich-lokalen Ausrichtung hin zur Auseinandersetzung mit aktuellen gestalterischen, gesellschaftlichen und technologischen Fragen zu bewegen. Zu dieser Zeit war das Gewerbemuseum das einzige noch bestehende Museum in der Schweiz, welches sich thematisch mit Handwerk, Kunst, Gewerbe, Design, Industrie und deren Schnittstellen befasste. Ein weiteres Alleinstellungsmerkmal des Gewerbemuseums ist die umfangreiche Materialmustersammlung, welche über Jahrzehnte aufgebaut und gepflegt wurde.
Als Gründungsmitglied des Netzwerks Material-Archiv setzt sich das Gewerbemuseum bis heute für die Vermittlung und Erforschung von Materialwissen ein; die eigene Materialsammlung wurde mit der Zeit katalogisiert und online sichtbar gemacht. So entstand das heutige Material-Labor, ein interaktiver Ort für Materialrecherchen, das von ganz unterschiedlichem Publikum genutzt wird. Das Ausstellungskonzept des Gewerbemuseums sieht fünf bis sechs Wechselausstellungen pro Jahr vor. Zusätzlich gibt es ein reichhaltiges Vermittlungsprogramm mit Workshops, Expert:innenführungen und anderen Aktivitäten. Das Gewerbemuseum versteht sich als überraschenden Begegnungsort für Design, Kunst und Gesellschaft, in dem andere Perspektiven entdeckt werden können. Es möchte Menschen verbinden und einen lebendigen Austausch fördern.