Lange Zeit verzichtete die Stadt Winterthur auf die Einsetzung einer Museumsdirektion. Stattdessen ernannte sie 1960 den einstigen Abwart Fritz Hobi zum «Ausstellungs- und Sammlungswart». Über 35 Jahre lang arbeitete er in dieser Position. Neben dem Auf- und Abbau der Ausstellungen hatte er auch die Pflicht, neue Ausstellungen anzuregen und verschiedene Objekte aus der Sammlung zu präsentieren.
Im Zuge der Revision der Winterthurer Gemeindeordnung hätte das Gewerbemuseum zusammen mit den übrigen Museen und Bibliotheken unter die Führung des damals neu geschaffenen Kulturamtes (heute Departement Präsidiales) zusammengefasst werden sollen. Dagegen wehrte es sich erfolgreich.
Ab 1999 übernahmen Claudia Cattaneo und Markus Rigert gemeinsam die Leitung des Gewerbemuseum. Markus Rigert blieb dem Gewerbemuseum als Co-Leiter insgesamt 22 Jahre treu, zunächst in der Co-Leitung mit Claudia Cattaneo, ab 2012 gemeinsam mit Susanna Kumschik, welche die Leitung nach der Pensionierung von Rigert alleine übernahm.
Der Beginn des 21. Jahrhunderts und der Leitungswechsel kurz vor der Jahrtausendwende, läuteten eine Neuausrichtung des Gewerbemuseums ein. Die Veränderung bestand darin, von einer kunstgewerblich-lokalen Ausrichtung hin zur Auseinandersetzung mit aktuellen gesellschaftlichen und technologischen Fragen zu bewegen. Zu dieser Zeit war das Gewerbemuseum das einzige noch bestehende Museum in der Schweiz, welches sich thematisch mit Handwerk, Kunst, Gewerbe, Industrie und deren Überschneidungen befasst. Ein weiteres Alleinstellungsmerkmal des Gewerbemuseums ist die umfangreiche Materialmustersammlung, welche über Jahrzehnte aufgebaut und gepflegt wurde. Um dem Nerv der Zeit zu entsprechen, wurde die Materialmustersammlung in den Nullerjahren katalogisiert und online sichtbar gemacht. In der Weiterentwicklung entstand das heutige Material-Labor, ein interaktives Labor für Materialrecherchen, das von unterschiedlichem Publikum genutzt wird. Das Ausstellungskonzept sieht vier bis fünf Wechselausstellungen pro Jahr vor. Zusätzlich gibt es kleinere Ausstellungen in Kombination mit Workshops und Stadtführungen oder anderen museumspädagogischen Aktivitäten. Das Gewerbemuseum versteht sich als Haus für Design, Kunst und Alltagskultur.