Der letzte katholische Gottesdienst vor der Reformation fand in Winterthur im Jahr 1524 statt. Danach war die Stadt protestantisch. Eine feste Niederlassung war für «Fremde» nicht möglich, darunter fielen auch Menschen jüdischen oder katholischen Glaubens. Erst zu Beginn des 19. Jahrhunderts begann sich die Situation langsam zu ändern. Im 19. Jahrhundert gab es im Kanton Zürich mehrere Petitionen von katholischen Gläubigen, mit der Bitte ihnen eine Kapelle für die Gottesdienste zur Verfügung zu stellen. Die Behörden lehnten die Anträge mit verschiedenen Begründungen ab. Einerseits sah man «kein dringend notwendiges Bedürfnis», andererseits warf man den katholischen Gläubigen wegen ihrer Romtreue fehlende Verbundenheit mit der Eidgenossenschaft vor.
Im Frühling 1860 reichte ein auf die Empfehlung des Churer Weihbischofs gegründetes Initiativkomitee eine weitere Petition beim Stadtrat von Winterthur ein. Die Petitionäre argumentierten, dass mittlerweile 500 Personen und damit knapp 5 Prozent der Winterthurer Bevölkerung katholischen Glaubens seien. Zudem verfügten sie über ein Startkapital von 4'000 für die Finanzierung von Gottesdiensten. Der Stadtrat lenkte ein, knüpfte aber seine Zustimmung an die Bedingung, dass zuerst eine staatlich anerkannte «kirchliche Kooperation» gegründet werden müsse. Am Palmsonntag 1862 versammelte sich die «katholische Kirchgemeinde Winterthur» zum ersten Mal im Betsaal in der Alten Kanzlei. Für die offizielle Gründung fehlte jedoch noch die Genehmigung des Stadtrates. Diese erfolgte erst am 13. Dezember 1863. An dieser konstituierenden Sitzung waren von den 114 stimmberechtigten Katholiken Winterthurs 66 anwesend.
Die Stadtregierung unterstützte die junge Kirchgemeinde, war jedoch nicht bereit, den (protestantischen) Betsaal dauerhaft kostenlos für katholische Gottesdienste zur Verfügung zu stellen. Deshalb legte sie bereits am 20. Juni 1862 einen provisorischen Standort für eine katholische Kirche fest und zwar mitten im neuen Stadtviertel Neuweisen, wo auch die meisten zugewanderten Menschen lebten. Was jetzt noch fehlte war ein Geistlicher, der regelmässig Gottesdienst halten konnte – am liebsten unentgeltlich. Nach mehreren Absagen aus verschiedenen Klöstern konnte am 10. August 1862 endlich der erste katholische Gottesdienst in Winterthur seit der Reformation gefeiert werden. Und als der Kanton der neuen Kirchgemeinde wertvolle liturgische Gegenstände aus dem verstaatlichten Kloster Rheinau schenkte, waren die wichtigsten Grundsteine gelegt.